黨政部門：

　　口腔醫學院·口腔醫院黨總支；第一黨支部；第二黨支部；第三黨支部；口腔醫學院分工會；團總支；院長辦公室；黨務辦公室；口腔醫學院綜合管理辦公室；口腔醫學院教學管理辦公室；醫務科；人事科；科教科；護理部；醫院感染管理科；財務科；掛號收費處；庫房；后勤保衛科；設備科；信息科。

臨床科室：

　　牙體牙髓病科；口腔粘膜病科；兒童口腔科；牙周病科；口腔頜面外科；口腔修復科；顳下頷關節病科；口腔正畸科；口腔種植中心；特診特需科；口腔綜合（急診）科。

醫技科室：

　　口腔放射科；檢驗科；藥房；消毒供應室；義齒制作中心。

教研室：

　　口腔修復教研室；口腔內科教研室；口腔外科教研室；口腔修復技術教研室；口腔護理及人文教研室。